29. PROSINCA 2006. bio je zadnji dan dosadašnjeg trgovačkoga društva Hrvatske željeznice, d.o.o, a od toga dana nacionalne željeznice počinju djelovati kao 5 trgovačkih društava.

Nova organizacija temeljena je na Zakonu o podjeli trgovačkoga društva HŽ-Hrvatske željeznice, d.o.o. i pripadajućih odluka i izjava Vlade RH.

28. prosinca iz Trgovačkog suda stiglo je rješenje o gašenju HŽ-a i rješenja o upisu u suski registar za novih 5 društava te je tako od 29. prosinca djeluju sljedeća trgovačka društva:

- HŽ Putnički prijevoz, d.o.o. za prijevoz putnika sa  1253 zaposlenika

- HŽ Cargo,d.o.o. za prijevoz tereta sa 2573 zaposlenika

- HŽ Vuča vlakova,d.o.o. za vuču vlakova sa 2158 zaposlenika

- HŽ Infrastruktura,d.o.o za upravljanje, održavanje i izgradnju željezničke infrastrukture sa 7533 zaposlenika

- HŽ Holdng, d.o.o. za poslovne usluge sa 235 zaposlenika.