Papa Ivan Pavao II. proglasio je 3. listopada 1998. zagrebačkog nadbiskupa Alojzija Stepinca blaženim na svečanosti u Mariji Bistrici, najvećem hrvatskom marijanskom svetištu. Događaj je okupio stotine tisuća vjernika i bio jedno od najvećih crkvenih okupljanja u Hrvatskoj nakon Domovinskog rata.
Papa je u svojoj propovijedi Stepinca predstavio kao uzor vjernosti Crkvi i Evanđelju u teškim povijesnim okolnostima. Beatifikacija je u Hrvatskoj dočekana s velikim odobravanjem, osobito među katolicima, te je protumačena kao potvrda da je Stepinac nevin stradao zbog svoje vjere i javnog protivljenja komunističkom režimu.
Međutim, Stepinčeva uloga ostaje predmet rasprava. Kritičari mu zamjeraju što je tijekom Drugog svjetskog rata održavao formalne odnose s ustaškim režimom NDH, a dio povjesničara drži da nije dovoljno jasno i javno osudio progon Srba, Židova i Roma. Branitelji njegova lika ističu, s druge strane, da je pomagao progonjenima te da je upravo zbog svoje dosljednosti nakon rata bio uhićen i osuđen na zatvorsku kaznu u montiranom procesu.
Beatifikacija kardinala Stepinca tako je ostala važan događaj u vjerskom i društvenom životu Hrvatske, ali i tema koja izaziva različite interpretacije među povjesničarima i u javnosti.
Papa Ivan Pavao II. posjetio je Hrvatsku ukupno tri puta. Prvi posjet bio je 1994. godine, u jeku Domovinskog rata, kada je boravio u Zagrebu i održao misu na hipodromu. Drugi posjet uslijedio je 1998., kada je pohodio Zagreb, Mariju Bistricu i Solin, a središnji događaj bila je upravo beatifikacija Alojzija Stepinca.
Treći posjet dogodio se 2003. godine, kada je papa pohodio Rijeku, Osijek, Đakovo, Zadar i Dubrovnik. Njegovi dolasci bili su važni ne samo za Katoličku crkvu, nego i za međunarodni položaj Hrvatske u to vrijeme.